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Ce qu’il faut savoir sur le contrôle TVA

19 septembre 2019

Claire Hubacher-Lanarès, Spécialiste TVA, MAS in Business Law |

L’Administration fédérale des contributions (AFC) effectue chaque année plus de 9000 contrôles TVA auprès des assujettis. Ces contrôles peuvent se révéler délicats pour les assujettis et il n’est pas rare qu’ils entraînent d’importantes reprises d’impôt. L’article qui suit vous explique ce à quoi il faut veiller.

La taxe sur la valeur ajoutée (TVA) est perçue selon le principe de l’auto-taxation. L’assujetti est donc lui-même responsable de prendre garde aux nombreuses exceptions et cas particuliers afin d’établir ses décomptes TVA correctement. De son côté, l’AFC contrôle et vérifie la plausibilité des décomptes trimestriels et semestriels. Elle effectue également des contrôles sur place auprès des assujettis. Nous vous expliquons dans cette newsletter le déroulement concret d’un tel contrôle TVA et vous indiquons les éléments les plus importants à prendre en compte.
 

Annonce d'un contrôle TVA

En général, l’inspecteur TVA prend contact par téléphone avec l’assujetti ou son représentant fiscal (p. ex. un bureau fiduciaire) afin de convenir de la date, du lieu, de la période faisant l'objet du contrôle ainsi que de la durée approximative de celui-ci. Une attention particulière doit alors être portée au choix du lieu où se déroulera le contrôle. En effet, pour bon nombre de petites et moyennes entreprises, un contrôle TVA peut constituer un facteur de stress supplémentaire. Lorsqu’un bureau fiduciaire se charge d’une grande partie de la comptabilité, il est alors plus judicieux que le contrôle TVA se déroule directement dans ses locaux. Il connaît en effet les principales transactions de la société, a directement accès aux documents comptables et a l’habitude d’accompagner l'inspecteur durant son contrôle.

Lorsque ces détails pratiques ont été définis, vous recevez une confirmation écrite du contrôle TVA convenu par téléphone. A partir de cette date, un délai de 360 jours commence à courir, au cours duquel l’AFC doit effectuer le contrôle annoncé et clore celui-ci par une notification d’estimation. L’annonce du contrôle a aussi pour effet de suspendre la prescription du droit de taxation (délai de prescription prolongé de deux ans).
 

Préparation et rassemblement des documents

Un contrôle TVA consiste habituellement à vérifier les cinq dernières périodes fiscales (années civiles) de l’assujetti, afin de s’assurer de la correcte application des règles en matière de TVA et de l’égalité de traitement. Pour ce faire, l’AFC demande de pouvoir consulter tous les documents comptables ainsi que tous les contrats et autres documents relatifs à l’activité commerciale de la société.

Dans ce contexte, il est recommandé de rassembler au préalable, pour chaque période fiscale, l’intégralité des documents dans un dossier électronique ou dans un classeur (selon le volume des documents à préparer), à savoir:

  • Décomptes TVA (y compris décomptes rectificatifs)
  • Contrôle de la concordance des chiffres d’affaires et de la plausibilité de l’impôt préalable (finalisation)
  • Journaux TVA
  • Détail de la comptabilité, y compris comptes annuels
  • Factures débiteurs et créanciers
  • Justificatifs d’importation et d’exportation
  • Bases de calcul en cas de correction de l'impôt préalable et/ou de réduction de la déduction de l’impôt préalable
  • Bases de calcul des parts privées comptabilisées
  • Autres documents relatifs à des problématiques particulières ou à des opérations spécifiques (ruling fiscal ou renseignements fiscaux)


Lors de la préparation de ces documents, une attention particulière doit être accordée aux aspects suivants:

Fil conducteur

Par fil conducteur, on entend le suivi des opérations commerciales à partir de la pièce justificative individuelle jusqu’au décompte TVA en passant par la comptabilité, et vice-versa. Ce fil conducteur doit être garanti en tout temps et sans perte de temps, y compris par sondage. A cet égard, le fait d’utiliser des moyens techniques ou non pour la tenue de la comptabilité ne doit pas engendrer de dérogation à ce principe. Les pièces justificatives doivent renseigner sur l’imputation comptable et le paiement. De plus, une conservation de manière systématique et en bon ordre des pièces (archivage) doit pouvoir être garantie. Les moyens techniques utilisés n’ont pas d’importance.
 

Contrôle de la concordance des chiffres d’affaires et de la plausibilité de l’impôt préalable

La nouvelle loi sur la TVA entrée en vigueur le 1er janvier 2010 a introduit, au travers de l’art. 72, l’obligation de finalisation de la période fiscale: dans les 180 jours qui suivent la fin de l'exercice considéré, l’assujetti doit comparer sa comptabilité avec les montants déclarés dans les décomptes TVA, c’est-à-dire contrôler à nouveau l’exhaustivité et l’exactitude des décomptes. Les éventuelles différences constatées (en faveur ou à la charge de l’assujetti) doivent être annoncées à l’AFC au moyen du décompte de concordance annuelle (décompte rectificatif).

Lors du contrôle de la concordance des chiffres d’affaires, les produits présentés dans le compte de résultat (sans tenir compte par exemple des travaux en cours, risque ducroire, provisions ou variations de stocks) sont comparés avec les décomptes TVA remis à l'AFC. Les éventuelles différences doivent être clarifiées, documentées en conséquence et rectifiées, le cas échéant, au moyen du décompte rectificatif. L’une des sources d’erreur les plus fréquentes consiste dans le fait que les ventes d’actifs immobilisés imposables sont comptabilisées uniquement dans les comptes du bilan et n’apparaissent donc pas dans les comptes de produits. Des chiffres d’affaires imposables peuvent également se trouver dans les comptes de charges ou dans les produits extraordinaires.

Concernant le contrôle de la concordance de l’impôt préalable, l’ordonnance régissant la taxe sur la valeur ajoutée (OTVA) exige uniquement, à l’art. 128, al. 3, une comparaison des montants d'impôt préalable déclarés avec les comptes d’impôt préalable (simple concordance des comptes). Un contrôle supplémentaire de la plausibilité de l’impôt préalable (estimation de l’impôt préalable sur la base des charges comptabilisées) peut toutefois être exigé dans le cadre du contrôle TVA!
 

Justificatifs d’importation et d’exportation

En règle générale, les livraisons de biens (envois de marchandises) à l’étranger qui sont exonérées de l’impôt doivent être prouvées par des documents douaniers d’exportation. Le cas échéant, des factures de transport peuvent aussi être utilisées, compte tenu du principe de la libre appréciation des preuves. Si l'exportation de ces biens ne peut pas être démontrée lors du contrôle TVA, les chiffres d’affaires y afférents devront alors être entièrement imposés.

Il en va de même pour les documents d’importation. Si les décisions de taxation à l’importation des autorités douanières ne peuvent pas être produites, il n’existe en principe aucun droit à la déduction de l’impôt préalable. C’est pourquoi il est essentiel pour les entreprises actives au niveau international qu’elles puissent présenter ces justificatifs et qu’il soit possible de les rattacher aux différentes livraisons de biens (voir notion de fil conducteur ci-avant). Par ailleurs, la plupart de ces documents douaniers d’importation ne sont plus établis que sous format électronique. C’est donc à l’assujetti de se les procurer à l’aide de la plate-forme en ligne «e-dec» de l’Administration fédérale des douanes (AFD) et de les archiver lui-même sous format électronique. Car les faits qui réduisent le montant de l’impôt doivent toujours être prouvés par le contribuable lui-même.

 

Correction de l'impôt préalable et réduction de la déduction de l’impôt préalable

Pour que l'impôt préalable puisse être déduit, la prestation acquise doit être affectée à un but imposable. De plus, un justificatif comptable - conforme aux prescriptions en matière de TVA - doit être disponible. Si les prestations sont utilisées à la fois pour des activités imposables et pour des activités non imposables (double affectation), la déduction de l’impôt préalable doit être corrigée proportionnellement. C’est pourquoi les bases de calcul de l’impôt préalable doivent aussi être présentées lors d'un contrôle TVA.

Les assujettis doivent également être prudents en ce qui concerne les subventions et autres contributions de droit public. En effet, en l'absence de prestation, ces flux de trésorerie ne font pas partie de la contre-prestation et entraînent une réduction de la déduction de l’impôt préalable. Les bases de calcul correspondantes doivent ainsi également être mises à la disposition de l'inspecteur.
 

Prestations au personnel et à des personnes étroitement liées

Les prestations au personnel et les prestations à des personnes étroitement liées constituent une autre source fréquente d’erreur. La TVA distingue à cet égard deux catégories de personnes. Pour les destinataires du certificat de salaire (personnel ainsi que membres du conseil d’administration), les prestations reçues (p. ex. repas et logement gratuits ou utilisation à des fins privées d’un véhicule d’entreprise) et mentionnées dans le certificat de salaire (cf. Guide d’établissement du certificat de salaire de la Conférence suisse des impôts) sont, pour la TVA, toujours réputées fournies à titre onéreux. Elles sont par conséquent soumises à la TVA au taux correspondant. En revanche, les prestations qui ne doivent pas être mentionnées dans le certificat de salaire (p. ex. remise d'un abonnement CFF demi-tarif à titre gratuit, cadeaux de Noël et d’anniversaire jusqu’à CHF 500) sont réputées fournies à titre gratuit et ne sont donc pas soumises à la TVA. En outre, l'impôt préalable y afférent peut être déduit dans le cadre de l'activité entrepreneuriale.

La deuxième catégorie de personnes est celle des «non-destinataires» du certificat de salaire (personnes étroitement liées ne travaillant pas dans l'entreprise ainsi que les propriétaires d’entreprises en raison individuelle). Lorsque des prestations sont fournies à des personnes étroitement liées ou à des personnes qui leur sont proches ne travaillant pas dans l’entreprise, la base de calcul de l’impôt correspond à la valeur qui aurait été convenue entre des tiers indépendants.

Lors de prélèvements (p.ex. prélèvements de marchandises ou parts privées aux frais généraux) par le propriétaire d’une entreprise en raison individuelle et par les personnes qui lui sont proches, une correction du montant de l’impôt préalable déjà déduit doit être effectuée. Cependant cette correction ne doit pas se faire par le biais du chiffre d’affaires, mais par l'annulation de la déduction de l’impôt préalable opérée en son temps (correction de la déduction de l’impôt préalable au titre de prestation à soi-même).

Des bases de calcul bien documentées sont donc importantes en vue du contrôle TVA pour les prestations fournies au personnel ou aux personnes étroitement liées et doivent être, le cas échéant, complétées au préalable.
 

Biens immobiliers

Dans le domaine immobilier, une attention particulière doit être portée à la documentation et à la conservation des documents en lien avec l'achat, la vente ainsi que l'affectation des immeubles (p. ex. rénovations majeures, option pour la location ou la vente). En particulier lors de changements d'affectation (p. ex. location sans option d'immeubles ou de parts d'immeubles précédemment occupés par leur propriétaire), la correction de l’impôt préalable doit être effectuée rétroactivement sur les 20 dernières années et fait l'objet d'une vérification lors d'un contrôle TVA. C’est pourquoi il est essentiel de conserver ces documents pendant au moins 26 ans.
 

Déroulement du contrôle TVA et résultat du contrôle

Au début du contrôle TVA, l'inspecteur souhaite avoir une vue d’ensemble des activités commerciales, des particularités et des spécificités de l’entreprise faisant l'objet du contrôle. Cette étape prend généralement la forme d’un bref entretien avec les personnes responsables (assujetti, comptable de l'entreprise ou bureau fiduciaire).

L'inspecteur vérifie ensuite l’exhaustivité et l’exactitude des décomptes TVA sur la base des documents mis à sa disposition. Par expérience, il s’agit principalement de contrôler si tous les chiffres d’affaires ont été entièrement déclarés, si la déduction de l’impôt préalable a été correctement effectuée, y compris les calculs de correction de l'impôt préalable et de réduction de la déduction de l’impôt préalable. L'inspecteur contrôlera également si les parts privées ainsi que les dépenses qui ne sont pas encourues dans le cadre de l’activité entrepreneuriale ou les changements d’affectation ont été correctement décomptés.

Une fois ces contrôles terminés, l'inspecteur discute de ses constatations avec les personnes responsables et leur communique le résultat du contrôle (calcul provisoire de la reprise ou du crédit d'impôt). Ce résultat du contrôle ne constitue pas encore une décision au sens juridique du terme. D’éventuels contestations ou désaccords peuvent encore être clarifiés dans le cadre d'une discussion avec l’AFC. C’est pourquoi, en cas de divergences d'opinion, il est essentiel de consulter un spécialiste TVA dès la remise du résultat du contrôle.
 

Remise de la notification d’estimation

Peu après la fin du contrôle TVA et de la communication du résultat provisoire, l’AFC remet à l’assujetti la notification d’estimation définitive. En cas de désaccord, des corrections ne sont alors possibles que par le biais d'une procédure de recours. Lorsque l'assujetti conteste une notification d’estimation, l’AFC rend en principe une décision susceptible de recours. Cette décision peut ainsi faire l’objet d’une réclamation dans un délai de 30 jours à compter de sa notification. Passé ce délai, la créance fiscale établie à la suite du contrôle TVA entre en force.
 

Conclusion et remarques finales

Cela prend souvent beaucoup de temps de rassembler après coup les documents nécessaires à un contrôle TVA. C’est pourquoi il est vivement conseillé de réunir et de classer correctement ces documents au cours de chaque période fiscale. Le temps investi en vaut la peine puisque la «première impression» faite à l'inspecteur peut influencer le déroulement du contrôle.

En cas de divergences, le résultat du contrôle TVA doit impérativement être discuté avec un spécialiste TVA avant même de recevoir la notification d’estimation. Comme nous l'avons mentionné plus haut, les contestations et les désaccords peuvent souvent être réglés en amont avec l’AFC, avant qu’il ne soit nécessaire d'entamer une procédure de recours.

Faire l'objet d'un contrôle TVA présente également des avantages pour l’assujetti. En effet, ce dernier a ensuite l’assurance de ne plus courir de risque fiscal. Un contrôle TVA permet également d'identifier des possibilités d'optimisation de la TVA.

Nos spécialistes TVA sont à votre disposition pour vous conseiller lors de l’annonce d’un contrôle TVA et pour planifier avec vous la procédure à suivre.

 

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